コンピュータの起動時に、動作中のプログラムを検査し、実行中のウイルスやトロイの木馬などの不正プログラムの存在を確認します。ウイルスを発見した場合は、その場で駆除を実行します。
また、起動後もファイルのオープン、実行を監視して、ウイルスが活動し始める前にファイル内のウイルス検査を実施します。検査してウイルスが発見されなければファイルを開いたり、実行することが可能となります。ウイルスを発見した場合は駆除することが可能です。

フロッピーディスク、ハードディスク、またはネットワーク上のファイルをドライブ/フォルダ単位で指定し、ウイルス検査を実行することができます。指定場所にある全ファイルを検査したり、実行ファイルやマクロファイルだけを選んで検査するなど、ファイル形式を指定した検査も可能です。

環境設定で、圧縮ファイルの検査を実行するオプションを指定することで、指定フォルダやドライブ内の圧縮ファイルを自動的に検査します。
対応圧縮ファイルは、全部で 24 種類です。テンポラリフォルダに圧縮ファイルを解凍してから、解凍したファイルをフォルダごと検査し、結果を表示します。
対応圧縮ファイルの場合は、圧縮ファイル内にさらに圧縮されたファイルがあっても検査します。

MyAntivirusV3 のオプション設定では、駆除する前にバックアップする設定があります。
駆除時にバックアップするよう設定しておくと、感染ファイルを駆除する前に、ウイルスが実行できない形式にファイルを暗号化して、駆除前の状態でバックアップフォルダにファイルを保存します。
もし駆除できないファイルがあった場合や新種のウィルスを発見した場合は、バックアップファイルを送信する機能が内蔵されているため、すばやいワクチンの提供を受けることが可能です。

実行中のプログラムがウイルス感染していた場合、そのファイルは排他制御されている（外部から働きかけて改竄させなくする）ため、書き込みができず、ウイルスを駆除することができません。
そこで MyAntivirusV3 は、実行中のファイルをいったんコピーし、コピー先のファイルからウイルスを駆除します。
感染ファイルが一般のプログラムの場合は、プログラムを強制終了してから駆除したファイルにすり替えます。システム ファイルの場合は、パソコンの再起動時にファイルをすりかえる Windows スクリプトを組み込み、再起動後に感染したファイルを削除し、駆除の済んだファイルを利用できるようにします。

OS 上には、一般アプリケーションが動作するときに利用するメモリ領域と、システムやドライバが利用するカーネル用のメモリ領域があります。
ウイルスの中には、カーネル用のメモリ領域で動作する種類のものがあり、この種のウイルスは一般のファイル検査でウイルスを発見し、駆除することができません。
MyAntivirusV3 は、起動時にカーネルメモリ領域で動作するプロセスのウイルス検査を実行し、駆除を行います。
※｢実行中ファイル駆除｣機能と組み合わせてウイルスの駆除を行います。

ウイルスの中には、アンチウイルスソフトをウイルス感染させてから動作するという悪質なものがあります。
MyAntivirusV3 は、起動時に自分自身がウイルス感染していないか確認した上で起動する、自己診断機能を搭載していいます。